В 1992 году был образован Республиканский Центр подготовки руководящего состава по гражданской обороне и чрезвычайным ситуациям, действовавший до 1996 года.

16 августа 1995 года по предложению Президента Республики Узбекистан И.А.Каримова было принято решение о создании Министерства по чрезвычайным ситуациям Республики Узбекистан. На Министерство возлагались задачи:

-осуществления государственной политики по предотвращению чрезвычайных ситуаций, защиты жизни и здоровья населения, материальных и культурных ценностей, а также ликвидации их последствий;

-создания и управления государственной системой предупреждения и действий в чрезвычайных ситуациях;

-координация деятельности министерств и местных органов, разработка государственных программ, создание необходимых материально-технических ресурсов, а также организация международного сотрудничества.

В вопросах руководства по обеспечению защиты населения и народно-хозяйственных объектов большая ответственность возлагается на Совет Министров Республики Каракалпакистан и хокимов соответствующих территорий, которые по должности являются начальниками гражданской защиты.

4 марта 1996 года Указом Президента Республики Узбекистан было образовано Министерство по чрезвычайным ситуациям Республики Узбекистан. 

Указ в качестве основных задач определил:

-разработку и реализацию государственной политики в области предотвращения чрезвычайных ситуаций, защиты жизни и здоровья населения, материальных и культурных ценностей, а также ликвидации последствий и снижения ущерба при возникновении чрезвычайных ситуаций мирное и военное время, и т.д.

Указ возлагает руководство по обеспечению защиты населения и народнохозяйственных объектов на премьер-министра Республики Узбекистан.

11 апреля 1996 года в соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан от 4 марта 1996 года было принято Постановление Кабинета Министров Республики Узбекистан «О вопросах организации деятельности Министерства по чрезвычайных ситуаций Республики Узбекистан». Постановление утвердило положение о Министерстве по чрезвычайных ситуаций (МЧС) Республики Узбекистан и его структуру.

В соответствии с постановлением Кабинета Министров Республики Узбекистан от 11 апреля 1996 года №143 Республиканский Центр подготовки руководящего состава по гражданской обороне и чрезвычайным ситуациям был преобразован в Институт гражданской защиты по подготовке, переподготовке и повышению квалификации руководящих кадров, военных и гражданских специалистов по предупреждению и ликвидации последствий чрезвычайных ситуаций.